探索RNA测序教程：griffithlab/rnaseq_tutorial-程序员宅基地

探索RNA测序教程：griffithlab/rnaseq_tutorial

项目地址:https://gitcode.com/griffithlab/rnaseq_tutorial

在这个数字化时代，生物学研究已经深入到基因表达和调控的微观层面，RNA测序（RNA-seq）成为了理解这些过程的强大工具。griffithlab/rnaseq_tutorial 是一个精心设计的开源项目，旨在为研究人员提供一套全面的RNA-seq数据分析教程。

项目简介

griffithlab/rnaseq_tutorial是一个基于GitCode托管的教程仓库，由 Griffith 实验室创建，目的是帮助生物信息学家和生物医学研究人员学习如何处理、分析和解释RNA-seq数据。该教程涵盖了从实验设计到最终结果解释的全过程，包括质量控制、转录本组装、差异表达分析等关键步骤。

技术分析

该项目基于生物信息学工具和编程语言，如：

FASTQ 文件处理 - 初始数据是 FASTQ 格式的序列读取，教程介绍了使用 fastqc 进行质量检查。
Trimmomatic - 数据预处理，去除低质量读段和接头污染。
STAR - 高效的转录组映射工具，用于将 reads 映射到参考基因组。
RSEM - 估计基因和转录本表达量。
DESeq2 - 差异表达分析，用于在不同样本间寻找显著变化的基因。
R 与 Bioconductor - 使用 R 语言和 Bioconductor 包进行统计分析和可视化。

此外，整个教程是通过 Jupyter Notebook 提供的，这使得代码可执行且易于阅读，并利于用户直接操作和探索。

应用场景

科研教学 - 对于生物信息学或分子生物学课程，这是一个理想的教学资源，让学生了解RNA-seq的完整流程。
新进研究员 - 对于刚开始接触RNA-seq分析的研究者，该教程提供了实践指导。
独立项目 - 研究员可以按照教程步骤处理自己的RNA-seq数据，无需从零开始。

特点

全面性 - 整个教程覆盖了从数据获取到结果解读的每一步。
互动性 - 以Jupyter Notebook的形式呈现，便于读者实践和修改代码。
可定制性 - 用户可以根据自己的需求调整分析参数或采用不同的工具。
更新及时 - 项目维护团队定期更新，确保使用最新的软件版本和技术标准。
社区支持 - 在GitCode上，你可以提交问题，参与讨论，甚至贡献你的改进和建议。

结论

griffithlab/rnaseq_tutorial 提供了一个易用且全面的学习平台，让RNA-seq数据分析变得更加透明和可访问。无论你是新手还是经验丰富的生物信息学家，都值得尝试这个强大的资源，提升你的数据分析技能。现在就加入，开启你的RNA-seq之旅吧！

项目地址:https://gitcode.com/griffithlab/rnaseq_tutorial

本文链接：https://blog.csdn.net/gitblog_00058/article/details/137035348

原作者删帖不实内容删帖广告或垃圾文章投诉

智能推荐

c# 大批量数据导出到excel (使用System.IO导出)_system.io.packaging 生成excel-程序员宅基地

文章浏览阅读6.1k次。预备知识：关于excelworkbook：工作簿，每一个xls或xlsx相当于一个工作簿。 sheet：工作表，每个工作簿可以有多个工作表。工作表相当于一张纸，工作簿相当于一个本子,将过个工作表集合在一起。 row：行 column：列 cell：单元格（表格中的最小单位，接下来导出表格就是对cell进行操作）将DataTable中的大量数据导出到Excel表格中。但每张E..._system.io.packaging 生成excel

推荐：利用Auto ARIMA构建高性能时间序列模型（附Python和R代码）-程序员宅基地

文章浏览阅读3.6k次，点赞3次，收藏25次。作者：AISHWARYA SINGH；翻译：陈之炎；校对：丁楠雅本文共3400字，建议阅读10+分钟。本文介绍了ARIMA的概念，并带你用Python和R训练一个数据集实..._python中auto-arima

TCP三次握手与四次挥手_tcp的3次握手和4次挥手-程序员宅基地

文章浏览阅读1.4k次。Tcp三次握手与四次挥手，自己的见解_tcp的3次握手和4次挥手

自然语言处理核心期刊_中国中文信息学会-程序员宅基地

文章浏览阅读467次。全国第十六届计算语言学会议(CCL 2017)及第五届基于自然标注大数据的自然语言处理国际学术研讨会(NLP-NABD 2017)联合征稿启事2017-03-20“第十六届全国计算语言学学术会议”(The Sixteenth China National Conference on Computational Linguistics, CCL 2017)将于2017年10月13日—15日在南京师范..._ccl是中文核心吗

html中的li标签不换行,css li 不换行（布局，内容）-程序员宅基地

文章浏览阅读3k次。参考这里------不换行的策略：不换行原理：ul 和 li 默认都是 display:block; 的标签，可以通过2种方式实现 li 的不换行显示：* 将 li 设为 display:inline; ，然后通过 marging 和 padding 设置 li 的间距，* 将 li 设为 float:left; ，然后通过 ( margin & padding ) 设置 li 的间距，...

Java重要知识点以及面试题常问(如：抽象类和接口是Java中两种重要的抽象机制，它们有相似之处，也有不同之处。)-程序员宅基地

文章浏览阅读37次。2.抽象类和接口的区别。

随便推点

Android中轮播图的实现_安卓轮播图-程序员宅基地

文章浏览阅读502次。—————–纯粹图片的轮播图——————–导包 //banner广告轮播图 compile 'com.youth.banner:banner:1.4.9'布局中使用

北京口袋时尚科技公司-微店内推技术一面-程序员宅基地

文章浏览阅读185次。今天下午预约的面试，如期到来，回顾一下面试的过程.1.简单的自我介绍2.开始面试（看简历问），一面一般是压力面试，我简历上写的可以开发手机游戏（Cocos2d-x），他就问知道Dijkstra算法吗，面试时面试官说他电话有问题（确实信号不信），但面试官很nice，我一时没听清，就说不知道，以前写过单源最短路径的题。3.看了我研究过安全与劫持，他就问内核态和用户态的转化过程，感觉答的不是..._北京口袋时尚科技有限公司的微店

2020年末知识大总结：Java程序员转Android开发必读经验一份，嵌入式开发入门教程_软件开发转移动端开发需要学什么-程序员宅基地

文章浏览阅读815次。Android是主流智能手机的操作系统，Java是一种开发语言，两者没有好坏优劣之分，只是两种职业岗位的选择。学安卓从事移动互联方向开发，学Java从事软件、网站开发。而安卓上的应用大多是Java编写的，所以建议在安卓前期的Java学习阶段中，要用心学好。言简意赅的说说“转”前的准备：其实Java程序员要自学安卓开发的基础知识还是没有什么难度的，毕竟语言相通，特性相似，阅读安卓源代码的门槛以比较低一些，作为能够考虑“转”的合格的程序员的你，自学能力和相关的基础知识应该不是问题，学习安卓也相对比较轻松._软件开发转移动端开发需要学什么

Stm32CubeIDE设置补全快捷键和主题_cubeide快捷键设置-程序员宅基地

文章浏览阅读8.2k次，点赞8次，收藏32次。Stm32CubeIDE设置补全快捷键和主题stm32CubeIde的设置，省的自己忘记了。一、主题设置提示：这里可以添加要学的内容例如：1、 help->Eclipse Market->输入"Devstyle"查找主题插件->install安装2、窗口->首选项找到主题3、按照如下设置完成后会提示重启，重启后效果如下所示二、补全设置用于设置代码的自动补全搜索: key->content assist默认的补全快捷键时alt+/，这里我改成双击两次_cubeide快捷键设置

【QBKbupt】洛谷P2525Uim的情人节礼物·其之壱-程序员宅基地

文章浏览阅读142次。（题目链接：https://www.luogu.com.cn/problem/P2525）#include<bits/stdc++.h>using namespace std;int main(){ int tmp,pos,s,n,number,symbol=1,input[10],data[10],memory[10]; scanf("%d",&n); for(int i=1;i<=n;i++) { scanf("%d",&input[i]);

CSS入门｜空余空间、换行和省略-程序员宅基地

文章浏览阅读241次，点赞3次，收藏7次。text-overflow:ellipsis（省略号）;(如果用clip(裁剪），就没有三个点)nowrap 文本不换行，直到遇到标签【最常用】pre 预格式化文本-保留空格，tab,回车。pre-line 显示回车，不显示换行，空格。做出多的文本省略、显示三个点的效果——容器宽度:width:200px;White-space空余空间。pre-wrap 自然换行。