集合可视化我们用得最多的是韦恩图,韦恩图在集合数少的时候是很好用的,但是当集合数多比如五个以上的时候那就会看花眼了,比如下面这副含有6个集合韦恩图,是发表在Nature上的文章里的,漂亮是漂亮,但是眼都快看花了。
今天介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,来源于UpSet,Python里面也有一个相似的包py-upset。此外还有个UpSetR shiny app以及源代码。
安装
两种方式安装:
数据导入
UpSetR提供了两个函数fromList以及fromExpression将数据转换为UpsetR适用的数据格式。
接下来就可以绘制绘制图形了
参数详解
下面所有的例子都将使用UpSetR内置的数据集movies来绘制。
该数据集展示的是电影名(name)、发行时间(ReleaseDate)以及电影类型,多了去了就不详讲了,自个可以看去。
UpsetR绘制集合可视化图形使用函数upset()。
解释一下上面部分参数:
很多时候我们想要看特定的几个集合,UpSetR满足我们的需求。
文中的参数:
各个变量也可以通过参数keep.order来排序
也可以按group进行展示,这图展示的就是按各个变量自身、两个交集、三个交集…依次展示。参数cutoff控制每个group显示几个交集。
参数intersects控制总共显示几个交集。
还有很多参数比如控制颜色的参数,点、线大小等,具体可查看?upset
queries参数
queries参数分为四个部分:query, param, color, active.
内置的intersects query
内置的elements query
此query可以可视化特定交集在不同条件下的情况
自定义一个query
添加query图例
参数attribute.plots
主要是用于添加属性图,内置有柱形图、散点图、热图等
柱形图
散点图
箱线图
箱线图可以展示数据的分布,通过参数boxplot.summary控制,最多可以一次性显示两个箱线图
还有一个十分重要的功能Incorporating Set Metadata这里就不讲了。
SessionInfo
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