技术标签： linux提取基因名称和序列
技术特征：
1.一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法，其特征在于，将某一物种的转录本id或者基因id，依据供试基因组cds文件、蛋白质文件、gff文件和染色体fasta文件信息，通过6个perl脚本程序，实现目标转录本或基因在基因组上的位置、长度、正反义链结构信息的提取，并在染色体fasta文件上提取该转录本或基因的cds或基因序列，在基因组蛋白文件上提取该转录本的蛋白质序列；最后对所需cds序列进行翻译，或者直接用所获的蛋白质序列，调用linux系统程序完成蛋白质的多序列比对工作。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)建立工作文件夹work_dir，将某一物种的转录本id文件记为数据集a，所述数据集a的文件名为“xxx1”，运行“perlscript1.plxxx1”命令，在当前工作文件夹work_dir下得到“res_gene_id”文件；所述“xxx1”在运行“perlscript1.plxxx1”程序时已置于包含脚本“script1.pl”的当前工作文件夹work_dir内，关闭所有相关文件；所述“res_gene_id”文件为该物种转录本id对应的基因id文件，记为数据集b，命名为“xxx3”；
如果上述步骤直接提供的是某一物种基因id，则将该基因id文件记为数据集b，命名为“xxx3”；
(2)将该物种基因组gff文件记为c数据集，所述c数据集的文件名为“xxx2”，运行“perlscript2.plxxx2xxx3”命令，在当前工作文件夹work_dir下得到“res_geneinfo”文件；
所述“res_geneinfo”文件为根据该物种基因id文件提取的基因组信息文件，记为数据集d；所述“xxx2”、“xxx3”在运行“perlscript2.plxxx2xxx3”程序时已置于包含脚本“script2.pl”的当前工作文件夹work_dir内，关闭所有相关文件；
(3)为strawberryperl软件安装bioperl模块，将该物种基因组cds的fasta格式文件记为数据集e，所述数据集e的文件名为“xxx4”，运行“perlscript3.plxxx1”命令，在当前工作文件夹work_dir下得到“res_cds_seq”文件；
所述“res_cds_seq”文件为根据该物种转录本id文件提取的基因
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