geo数据差异分析 - 程序员宅基地

从GEO下载数据预处理+DESeq差异分析+KEGG、GO富集分析

标签： r语言

因为自己最近需要用GEO的数据来画火山图和富集分析图，就整理了一下操作流程。用代码从GEO下载数据并预处理，然后对数据进行差异分析和富集分析

GEO生信数据挖掘（七）差异基因分析

标签：数据挖掘人工智能 R

例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。本节延续上个数据，进行了差异分析。

差异分析GEO数据库limma包.zip

标签：生物信息学

差异分析GEO数据库limma包.zip

生物信息学入门使用 GEO基因芯片数据进行差异表达分析（DEG）——Limma 算法数据代码结果解读

标签：差异表达 DEG limma

差异表达分析通常作为根据基因表达矩阵进行生物信息学分析的第一步，有助于我们观察基因在不同样本中的表达差异，从而确定要研究的基因和表型之间的联系。常用的基因表达数据来自基因芯片或高通量测序。虽然矩阵看...

GEO数据库学习四(差异分析可视化 GSEA)

标签：学习

定义：在某一特定基因子集中，多个基因共同...，其中N：所有gene总数n：N中差异表达gene的总数M：N中属于某个GO term的gene个数k: n中属于某个GO term的gene个数p：表示差异表达gene富集到这个GO term上的可信程度当p

geo数据差异分析_GEO数据分析之差异基因分析

标签： geo数据差异分析

Step2-Differential-Expression-Genes上一篇中做了：GEO数据下载和表达矩阵提取及质控。接下来是差异基因的获得。一、差异分析1、表达矩阵#1、表达矩阵load('GSE63067_exprSet_eSet.Rdata')exprSet #查看内参表达量...

GEO2Enrichr-crx插件

标签：生产工具

GEO2Enrichr是一个浏览器扩展，可用于从GEO提取差异表达的基因集，并通过用户界面使用Enrichr分析这些基因集 GEO2Enrichr在GEO网页上添加了功能，用户只需单击一下即可将两组样本提交到我们的Web服务器。服务器下载...

geo数据差异分析_GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

标签： geo数据差异分析

GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析。...

geo数据差异分析_答疑呀嘿丨如何对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析？

标签： geo数据差异分析

本周又有一些小伙伴提出了他们的问题，有一些真的对大家比较有参考意义，注意认真阅读哦~Q1－生信分析问：想对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析DEG分析，应该怎么操作呢答：从GEO数据库得到的芯片数据进行DEG...

geo数据差异分析_使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

标签： geo数据差异分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle ...

geo差异表达分析_如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

标签： geo差异表达分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍首先假设你已经找到了一套数据GSE32323这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与癌旁样本我们先下载数据，...

geo差异表达分析_GEO数据表达差异分析

标签： geo差异表达分析

1-1从GEO数据库下载数据rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)library(GEOquery)gse = "GSE4107"eSet destdir = '.',getGPL = F)1-2提取表达矩阵expexp head(exp)exp = log2(exp+1)dim(exp) #22个样本，...

geo差异表达分析_如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

标签： geo差异表达分析

如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片...

R软件--GEO数据分析教程：差异性分析、富集分析（GO\KEGG\DO）

标签：数据可视化数据分析 windows

title: “GSE93798” output: word_document ...关于GSE93798的差异性分析、GO分析、KEGG分析、DO分析 rm(list = ls()) #RStudio控制台(console)中出现少量中文乱码的解决方法 Sys.setlocale("LC_ALL","...

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集

标签：生物信息 GEO 差异分析

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化介绍了实验的设计、数据获取、数据标准化和注释，下面是如何利用Limma和线性模型鉴定差异基因，并进行GO富集分析。线性模型为了分析发炎和未发炎...

GEO芯片数据基本分析

标签：开发语言 r语言

GEO数据库芯片基本分析——R语言

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

欢迎关注”生信修炼手册”!GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供...

数据挖掘学习笔记——GEO数据库：芯片数据分析

标签：数据挖掘学习数据库

GEO数据库：芯片数据分析（获取表达矩阵，limma差异化分析）

geo差异表达分析_GEO2R差异表达分析软件

标签： geo差异表达分析

我们对于目标数据集，我们做的第一个事情就是差异分析，来寻找有差异的结果。所有的表达芯片做的差异表达分析都是基于limma的算法来的。我们今天介绍的这个GEO2R也只是把这个算法更加方便使用了而已。PS：GEO2R只是...

使用别人的万能代码做同样的GEO数据却做不出差异分析

标签： r语言

运行一遍limma，却只得到rawbox、normalbox和vol。。。有没有大神教一下问题出在哪????

【生信技能树】GEO数据库挖掘 P7 6差异分析

标签：聚类

用limma包对芯片数据做差异分析 | 生信菜鸟团 http://www.bio-info-trainee.com/1194.html用limma包的voom函数来对RNA-seq数据做差异分析 | 生信菜鸟团 http://www.bio-info-trainee.com/1544.htmllimma包的使用技巧...