基于PSI-BLAST图谱的蛋白质结构分类预测方法
本文汇总了AlphaFold和AlphaFold-multimer等蛋白结构推理预测中,不同蛋白结构预测模型的评价指标。供大家参考。
中国学者张阳最近在第七届蛋白质结构预测技术评估大赛中获得第一名的好成绩。消息传来,他做博士后时的导师欧阳钟灿院士给予高度评价。据欧阳钟灿介绍,由生物大分子的基因序列预测其结构,是当前生物学研究面临的最...
用于分析蛋白质结构的基本 matlab 工具包:从 PDB 文件解析结构、选择结构的一部分、旋转和平移...
MetaDomain是一种蛋白质域分类工具,专为非常短的下一代测序读取而设计。 与最新的配置文件隐马尔可夫模型(配置文件HMM)对齐工具相比,在从短序列中识别编码域时,它具有更高的灵敏度和较低的误报率。
蛋白质配体图的可视化... 它在超二级结构级别上工作,并使用来自PDB文件的原子坐标和DSSP算法的SSE分配。 VPLG是命令行软件。 如果您不喜欢键入命令,请尝试使用我们的PTGL Web服务器:http://ptgl.uni-frankfurt.de/
标签: 首发论文
KLF4蛋白结构与功能,刘瑛,刘俊文,Sp1样蛋白(Sp1-like proteins)和Krüppe样因子(Krüppel-like factors,KLFs) 是一个具有多个结构高度相似成员的锌指蛋白家族,在真核细胞的基因
Prodar是一个搜索应用程序,可查询PDB以获取候选结构比对。 搜索的输入是从标准(文本)PDB文件中读取的蛋白质骨架结构,返回的结果仅基于骨架的结构相似性,而与序列信息无关。 搜索速度非常快,通常不到一分钟即可...
因此,对抗凋亡蛋白和促凋亡蛋白结构域的分析将有助于我们更好地了解凋亡蛋白的致病机理。 在这项工作中,基于UniprotKB \ SWISS-PROT数据库构建了一个数据集。 该数据库包括239种抗凋亡蛋白和222种促凋亡蛋白。 ...
蛋白结构显示的参数设定: 脚本选项: 2. 下载三维数据文件 1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。 如图:选择Download Files。 2.确定下载的文件类型,一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。 选择PDB File(Text)....
蛋白质结构预测在线软件.pdf
标签: 数据挖掘
使用生物信息学工具在高等植物序列中搜索免疫球蛋白结构域相似性的痕迹,以寻找可能的早期系统发生结构关系。 通过17种选择程序以及使用JavaScript,PHP,Windows程序和CDD进行保守域搜索的抗冗余序列相关方法,对...
TBM-easy 和 TBM-hard 是 CASP(蛋白质结构预测的关键评估)中 TBM(基于模板的建模)的子类别,基于寻找合适的目标蛋白质模板的难度而划分的。TBM-easy目标至少有一个模板与目标的序列一致性达到30%或更高,而TBM-...
使用HybridDE预测蛋白质结构 定义了差异进化和片段替换技术之间的混合形式,用于蛋白质结构预测[Varela2020]。 Rosetta系统的粗粒度原子模型用于蛋白质表示。 蛋白质能量分布图的高维和多峰性质要求有效的搜索以最少...
基础蛋白质数据库使用知识
生物结构图 Biostructmap是一个Python工具,用于将序列比对的数据(例如多态性的位置)映射到蛋白质结构上。 此外,生物结构图允许将残基的空间邻近性纳入滑动窗口计算中,并可用于将蛋白质结构信息纳入选择压力的...
基于Biopython蛋白质数据获取与解析
标签: 数据库
《蛋白结构数据库》.ppt
为了分析东亚飞蝗血蓝蛋白亚基1(LmiHc1)基因的原核表达情况,并对其蛋白结构进行预测,采用PCR方法扩增LmiHc1目的基因片段,克隆至pET-DsbA表达载体中,构建含目的基因的表达质粒pET-DsbA/LmiHc1,将重组体转化为E.coli ...
蛋白结构对齐。
ProteinNet是用于机器学习蛋白质结构的标准化数据集。 它提供蛋白质序列,结构(和),多个序列比对( ),位置特定的评分矩阵( ),以及标准化的拆分。 ProteinNet建立在两年期评估的基础上,该评估对最近解决但...